Es gilt als sehr wahrscheinlich, dass es sich bei ihrem Erbauer um den 1136 erstmals urkundlich erwähnten Sigibertus de Kerpene oder dessen Sohn Heinrich I. (1142-1177) handelt.
1299 wurde ein Theoderich III. als Herr von Kerpen erwähnt. Dessen Söhne begründeten später die drei Familienlinien Kerpen-Linster, Kerpen-Mörsdorf und Kerpen-Illingen (Lit.: Losse, 2003), die jeweils anteilig Eigner der Stammburg blieben und sie somit zur Ganerbenburg machten.
Im Jahr 1346 verkaufte Konrad von Kerpen-Mörsdorf seinen Teil an der Burg an seinen Vetter Wilhelm II. von Sombreff, der 1448 noch einen weiteren Anteil erwarb. Zusammen mit seinem familiären Erbteil wurde Wilhelm somit zum Alleinbesitzer der Anlage. Nach seinem Tod begann eine Geschichte von fortwährenden Besitzstreitigkeiten um die Burg Kerpen, die mehr als 200 Jahre andauern sollten.
Wilhelms Sohn Friedrich starb kinderlos, so dass die Burg an seine Schwester Margarete fiel. Durch ihre Heirat mit Graf Dietrich von Manderscheid-Schleiden kam die Burg in den Besitz des gleichnamigen Grafengeschlechts. Die Arenberger blieben bis 1749 Besitzer.
Nach der Einnahme des Linken Rheinufers durch französische Revolutionstruppen (1794) und der Besitzergreifung des Gebietes verkaufte die französische Verwaltung die Ruine 1803 auf Abbruch an die Gemeinde.
1893 nahm sich Johann Heinrich Dün der heruntergekommenen Anlage an. Er ließ sie von Schutt befreien, baute das heutige Wohnhaus und setzte dem Bergfried einen neuen Zinnenkranz auf.
Von 1907 bis 1911 war die Burg Kerpen im Eigentum von Clemens Manstein.
1911 kaufte der Eifelmaler Fritz von Wille von Clemens Manstein die Burg und ließ dringende Sicherungs- und Ausbesserungsarbeiten vornehmen. Als der Künstler 1941 verstarb, wurde er auf dem Burggelände beigesetzt.
Noch im gleichen Jahr kaufte die Firma DEMAG die Burg, um sie als Schulungsheim zu nutzen. In den 1950er Jahren folgten dann durch sie weitere Sicherungs- sowie Um- und Ausbaumaßnahmen.
Von 1969 bis 2007 war die Burg Kerpen Eigentum des Kreises Neuss, der es als Landschulheim nutzte. Dann erwarb eine niederländische Familie die Anlage und unterzog sie im Jahr 2010 einer umfangreichen Renovierung.