Es gibt viele Sagen zur Entstehung der Burg. So soll sie angeblich auf den Mauern eines römischen Kastells erbaut sein. Dies konnte aber bisher historisch nicht bewiesen werden. Eine weitere Sage stammt aus dem 17. Jahrhundert, nach dieser soll die Burg im 8. Jahrhundert von einer berühmten Fürstentochter gegründet worden sein. Hier soll sie sich vor ihrem Freier versteckt haben. Die wohl bekannteste Geschichte geht auf die Namensgeberin der Burg zurück. Bertrada die Ältere soll 721 das Kloster Prüm gestiftet haben. Bertrada war mit dem fränkischen König Pippin verheiratet und die Urgroßmutter von Karl d. Große. Es wird sogar vermutet, das letztere auf der Burg geboren wurde, nachgewiesen ist dies jedoch nicht. Die erste urkundliche Erwähnung der Bertradaburg stammt von 1331. Nach Meinung einiger Forscher wurde die Burg Ende des 13. Jh. erbaut. Zu dieser Zeit war Heinrich von Schönecken der amtierende Prümer Abt. Somit könnte er der Bauherr der Burg gewesen sein.

Viele Jahre war die Abtei hart umkämpft, denn versuchte der Trierer Erzbischof sie einzunehmen. 1576 fiel die Abtei doch schließlich an den Trierer Kurfürsten. Der Trierer Kurfürst Erzbischof Johann VII. v. Schönberg ließ die Burg 1598 ausbauen und verstärken. All dies nützte jedoch nichts, denn 1683 galt die Burg schon als verfallen. Nichtsdestotrotz wurde sie weiter für Messen genutzt.

m Jahr 1794 wurde das Kloster Prüm durch die Revolutionstruppen Frankreichs besetzt und beschädigt. die Besatzungsregierung erklärte 1804 die Burg zu Nationaleigentum und verkaufte sie. Danach hatte die Burg verschiedene Besitzer, darunter auch den Brauereibesitzer Kersten. Dieser baute den Wohnpalas innerhalb der Burg zum Brauhaus aus, was zur Folge hatte, dass das Burgareal für Wohn- und Werkstätten benutzt wurde. Dies war z.T. mit erheblichen baulichen Veränderungen verbunden.

1977 kaufte das Ehepaar Tiepelmann die Bertradaburg, mit Ausnahme des Torbaus. Sie kümmerten sich um den Erhalt und eine Teilrekonstruktion der Burg, die durch das Landesamt für Denkmalpflege in Rheinland-Pfalz unterstützt wurde. 2008 zog das Ehepaar wieder aus. Seit 2009 erhalten die neuen Eigentümer Zuschüsse durch den Bund das Land Rheinland-Pfalz um die Burg weiter zu sanieren. Heute wird das Burghaus als Ferienhaus genutzt.